國際安全局的王尚恩（安志杰 飾）率萬飛（周杰倫 飾）等部下遠(yuǎn)赴約旦，押送制造天花病毒變體的科學(xué)家肯納，豈料王尚恩叛變將肯納劫走，萬飛頭部受重傷，他同隊中的心上人也在這次任務(wù)中身亡。三個月后，王尚恩等人研制的病毒造成一艘貨船上的人們盡數(shù)死亡，而他此時準(zhǔn)備販賣疫苗謀取暴利；萬飛在醫(yī)院中被告知頭部的子彈無法取出，神經(jīng)受損導(dǎo)致他兩周后會有生命危險，萬母向其透露他有一個失散多年的哥哥。為了完成母親心愿，萬飛前往吉隆坡尋找哥哥萬陽（謝霆鋒 飾）。飛機(jī)上與萬飛同行的簡博士恰巧是王尚恩一伙準(zhǔn)備用來替換肯納的病毒專家，